说明：虽然目前标准已发生变化，但以下案例仍有借鉴意义。

《财政部国家税务总局关于调整计税工资扣除限额等有关问题的通知》（财税[1999]258号）规定，计税工资的扣除限额为月人均800元，个别地区（省级）确需高于该限额的，应在不高于20％的幅度内报财政部和国家税务总局审定（现已改由省级人民政府根据当地经济发展情况和企业的承受能力自主确定）。也就是说，计税工资扣除限额最高不得超过月人均960元。但随着经济的发展，许多企业的工资发放水平远远超过了计税工资标准，工资费用纳税调整额居高不下。在具备一定条件的情况下时，计税工资超支的企业可以采用以下方法。
减少高薪人员
金玉食品有限公司2003年实现利润100万元，计税工资纳税调整额为100万元，没有其他纳税调整项目。这家公司有2名兼职技术人员，每月领取工资2万元。公司所在地区计税工资扣除标准为月人均960元。
2003年度应缴企业所得税＝（1000000＋1000000）×33％＝660000（元）
应扣技术人员的个人所得税＝[（20000－800）×20％－375]×12×2＝83160（元）
合计税收负担＝660000＋83160＝743160（元）。
针对2名兼职技术人员工资费用较高、纳税调整额较大的问题，这家公司可以与他们解除员工关系，改为每月支付劳务费20000元。当然，公司最好在其他方面给一定的补偿。按此方案实施后的税收负担为：
公司开具劳务费发票，应负担营业税、城建税、教育费附加＝20000×2×12×5％×（1＋7％＋3％）＝26400（元）
应扣缴劳务报酬个人所得税＝20000×（1－20％）×20％×2×12＝76800（元）
计税工资纳税调整额＝1000000－（20000×2×12－2×960×12）＝543040（元）
应缴企业所得税＝（1000000＋543040）×33％＝509203（元）
合计税收负担＝26400＋76800＋509203＝612403（元）
这家公司、技术人员合计可节税743160－612403＝130757（元）。
增加低薪人员
从理论上说，企业吸收低薪人员可以降低工资平均水平，从而减少纳税调整额。例如，某食品加工公司计税工资超支。如果公司增加一名月工资400元的员工，每年增加工资费用4800元（4000×12），但每年计税工资纳税调整额可减少6720元[（960－400）×12].因此，公司可节约企业所得税2217.6元（6720×33％）。不过，这种方案在实践中可操作性不强。
申请工效挂钩
常荣公司现有职工1000人，2003年工资总额为1800万元，实现利润500万元；预计2004年职工人数不变，工资总额为2000万元，实现利润1000万元。当地计税工资扣除标准为月人均960元。
本年预计工资费用纳税调整额＝2000－1000×0.096×12＝848（万元）
国税发[2000]84号文件规定，经批准实行工效挂钩办法的纳税人向雇员支付的工资薪金支出，可据实扣除。假设该公司2004年经批准实行工效挂钩，挂钩比例为1：0.7（即效益增长100％，工资总额增长70％），上年（2003年）工资基数按实际在税前扣除的金额计算，其2004年预计可在税前列支的工资计算如下：
上年工资基数＝1000×0.096×12＝1152（万元）
本年实现毛利润（计提效益工资前的利润，即假设本年工资支出等于上年工资基数测算的利润）＝1000＋2000－1152＝1848（万元）
本年应提效益工资＝[（本年实现毛利润－上年利润基数）×上年工资基数×挂钩比例]÷（上年利润基数＋上年工资基数×挂钩比例）＝[（1848－500）×1152×0.7]÷（500＋1152×0.7）＝832.08（万元）
本年预计可在税前列支的工资为：
上年工资基数＋本年效益工资＝1152＋832.08＝1984.08（万元）
本年预计工资费用纳税调整额＝2000－1984.08＝15.92（万元）
按此方案实施，公司可节约企业所得税＝（848－15.92）×33％＝274.59（万元）
实行工效挂钩，企业需要注意四点：
一是企业必须向当地劳动和地税部门提出申请，经审核批准后方可采用；
二是经济效益呈下降趋势的企业一般不宜实行工效挂钩；
三是国税发[1998]86号文件规定，企业按批准的工效挂钩办法提取的工资额超过实际发放的工资额部分，不得在企业所得税前扣除，超过部分用于建立工资储备基金，在实际发放年度企业所得税前据实扣除；
四是各地区工效挂钩政策可能不一致，企业应当按照各省税务局的具体规定执行。
计税工资超支的单位还要注意以下政策：
一是企业在建工程人员的工资不得直接在税前扣除，应当计入固定资产成本。企业应当注意将工资资本化，在以后年度通过提取资产折旧在税前扣除；
二是财工字[1996]41号文件规定，企业研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的各项费用，包括研究机构人员的工资，不受比例限制，计入管理费用。（财税[2003]244号文件规定，从2004年起，所有盈利的工业企业均能享受技术开发费增长10％，再加计扣除50％的优惠）；
三是国税发[2000]24号文件规定，软件开发企业实际发放的工资总额，在计算企业所得税应纳税所得额时准予扣除；
四是财税[1998]18号文件规定，事业单位凡执行国务院规定的事业单位工作人员工资制度的，应严格按照规定的工资标准在税前进行扣除；
五是财税[1994]9号文件规定，对饮食服务企业按国家规定提取的提成工资，在计算应纳税所得额时准予扣除；
六是外商投资企业工资费用不受计税工资限制。因此，企业可以寻求与外商合资，解决计税工资超支问题。